El cordyceps chino (GL) es un hongo medicinal tradicional, siendo (BL) y (JSB) hongos aislados del cordyceps chino silvestre. Estas tres especies comparten una composición química y efectos farmacológicos similares. Los estudios existentes han comparado principalmente los metabolitos del cordyceps chino y, pasando por alto la evaluación de la capacidad antioxidante en el cordyceps chino, y. En este estudio, se empleó LC-MS/MS para analizar metabolitos en GL, JSB y BL. Utilizando análisis de componentes principales (PCA), análisis discriminante de mínimos cuadrados parciales ortogonales supervisados (OPLS-DA) y análisis de clúster jerárquico (HCA), se observó que la mayoría de los metabolitos diferenciales (DMs) se acumularon principalmente en ácidos orgánicos y derivados, lípidos y moléculas similares a lípidos, y compuestos organoheterocíclicos. El análisis de actividad antioxidante indicó que GL exhibió una mayor capacidad de captura del radical 2,2-difenil-1-picrilhidrazilo (DPPH-, la tasa de captura es 81.87 +/- 0.97%), capacidad de captura del radical libre hidroxilo (-OH, la tasa de captura es 98.10 +/- 0.60%) y capacidad de captura del radical anión superóxido (O, la tasa de captura es 69.74 +/- 4.36%), mientras que JSB demostró una mayor capacidad antioxidante total FRAP de 8.26 mol Trolox/g (< 0.05). El análisis de correlación reveló una correlación positiva entre DMs (ácidos grasos y aminoácidos) y DPPH-, FRAP, -OH y O (< 0.05). Además, se encontró que los DMs de glicerofosfolípidos estaban positivamente correlacionados con FRAP (< 0.05). A través del análisis de rutas KEGG, se determinó que la acumulación de DMs en rutas como la biosíntesis de cutina, suberina y ceras tiene un mayor impacto en la influencia de la actividad antioxidante de las muestras. Estos resultados arrojan luz sobre la capacidad antioxidante y las características metabólicas del cordyceps chino y sus sustitutos, y ofrecen valiosos conocimientos sobre cómo diferentes DMs impactan la fuerza de la actividad antioxidante, ayudando en el avance y aplicación del cordyceps chino y sus sustitutos.