En este estudio, evaluamos la diversidad fúngica presente asociada con núcleos de rocas oligocenas utilizando un enfoque de metabarcoding de ADN. Detectamos 940,969 lecturas de ADN agrupadas en 198 variantes de secuencia de amplicón (ASVs) que representan los filos (Fungi) y los organismos similares a hongos (Stramenopila), en orden de abundancia. Las especies sp., sp., sp., sp. y sp. fueron evaluadas como taxones dominantes, con 22 ASVs fúngicos mostrando abundancia intermedia y 170 siendo componentes menores de la diversidad fúngica asignada. Los datos obtenidos mostraron índices de diversidad altos, mientras que la rarefacción indicó que la mayoría de la diversidad fue detectada. Sin embargo, los índices de diversidad variaron entre los núcleos analizados. La comunidad fúngica endolítica detectada utilizando un enfoque de metabarcoding en las muestras de roca oligocena examinadas contiene un micobioma rico y complejo que comprende taxones con diferentes estilos de vida, comparable con la diversidad reportada en estudios recientes de una variedad de hábitats antárticos. Debido a la alta diversidad fúngica detectada, nuestros resultados sugieren la necesidad de más investigaciones para desarrollar estrategias para aislar estos hongos en cultivo para estudios evolutivos, fisiológicos y biogeoquímicos, y para evaluar su posible papel en aplicaciones biotecnológicas.