El género de diatomeas marinas comprende especies de fitoplancton cosmopolitas comúnmente presentes en el mar Adriático. Las especies dentro del género han sido de gran preocupación porque producen ácido domoico (DA), que puede causar intoxicación amnésica por mariscos (ASP). En este estudio, identificamos especies a lo largo del mar Adriático central y sudeste, donde el muestreo mensual realizado desde febrero de 2022 hasta febrero de 2024 permitió una documentación exhaustiva de las especies. Las cultivos celulares de especies aisladas de las áreas de estudio fueron analizadas morfológica y molecularmente. Los análisis morfológicos se realizaron utilizando un microscopio electrónico de barrido (FE-SEM/STEM), mientras que los análisis moleculares se llevaron a cabo, enfocándose en el ITS1-5.8S-ITS2, LSU y las regiones L, para confirmar la identidad de las especies. Este enfoque integrador llevó a la identificación de ocho especies. Nuestros hallazgos subrayan el valor de un enfoque combinado para la identificación confiable de especies y contribuyen al desarrollo de bases de datos de secuencias genéticas que apoyan el avance de métodos de próxima generación como el metabarcoding. Esta investigación enfatiza la importancia de los métodos morfológicos y moleculares combinados para la diferenciación de las especies crípticas y pseudo-crípticas.