La resistencia a los antimicrobianos (RAM) representa una de las amenazas más urgentes para la salud pública global. En pollos de engorde, el uso de antibióticos ejerce no solo efectos terapéuticos, sino que también tiene el potencial de alterar significativamente la composición de la microbiota intestinal y la abundancia de genes de resistencia a los antimicrobianos (ARGs). El objetivo de este estudio fue evaluar el impacto de una formulación veterinaria que contiene amoxicilina, aprobada para su uso en pollos de engorde, sobre el microbioma intestinal y el perfil de resistoma bajo diferentes regímenes de dosificación. Nuestros resultados revelaron que una dosis terapéutica de un cuarto causó cambios sustanciales en la diversidad microbiana y la abundancia relativa de taxones bacterianos específicos, al tiempo que redujo significativamente la abundancia total de genes de resistencia a los antimicrobianos. En contraste, la dosis terapéutica completa indujo menos cambios detectables. Notablemente, los genes de resistencia a la vancomicina se detectaron de manera consistente en todos los grupos de tratamiento, y sus números totales se mantuvieron altos o incluso aumentaron en algunos casos. Estos hallazgos respaldan el creciente cuerpo de evidencia de que los efectos de los antibióticos van más allá de la eficacia clínica; destacan la importancia de considerar las consecuencias ecológicas al administrar tales agentes en la producción ganadera.