Los suplementos de ácido docosahexaenoico (DHA) se añaden al alimento de las vacas para la producción de leche de DHA, y muchos productos derivados se han desarrollado gradualmente para satisfacer las necesidades comerciales. La pérdida de estos suplementos comerciales en el rumen y sus efectos sobre los microorganismos del rumen rara vez se informan. Este estudio tuvo como objetivo investigar la pérdida de DHA de tres suplementos (dos en polvo y uno en aceite) después de la digestión total y sus efectos sobre el número y la composición de las bacterias del rumen, utilizando un enfoque in vitro. Los resultados mostraron que el aceite de algas tuvo la tasa de pérdida más alta, pero la biodisponibilidad no fue significativamente diferente de los otros suplementos; tres suplementos de DHA alteraron la composición bacteriana de cultivos en lote in vitro inoculados con microorganismos del rumen de vacas, y causaron cambios en la abundancia relativa de los principales filos, familias y géneros bacterianos. El aceite de algas tiene el impacto más significativo en la microbiota del rumen al reducir la riqueza y diversidad de la microbiota del rumen, y alterar significativamente la composición de múltiples microbiotas importantes. También observamos que algunas bacterias del rumen pueden estar involucradas en la respuesta ruminal en la biohidrogenación a la adición de lípidos marinos, pero se necesita más investigación para confirmar su papel real en el metabolismo de lípidos ruminales.