El zinc (Zn) es un elemento traza esencial para el crecimiento y desarrollo tanto de humanos como de plantas. Aumentar la acumulación de Zn en los granos de arroz es importante para la nutrición y la salud mundial. En este estudio, utilizamos una población de entrecruzamiento de generación avanzada multiparental (MAGIC) construida con cuatro líneas parentales y genotipada usando un arreglo de SNP de arroz de 55 K para identificar QTLs relacionados con las concentraciones de Zn en brotes en la etapa de plántula y en granos en la etapa madura. Se detectaron cinco QTLs asociados con la concentración de Zn en brotes en la etapa de plántula, que explicaron del 3.7 al 5.7% de la variación fenotípica. Se detectaron seis QTLs asociados con la concentración de Zn en granos en la etapa madura, que explicaron del 5.5 al 8.9% de la variación fenotípica. Entre los QTLs, y se identificaron como asociados tanto con los contenidos de brotes como de granos. Basándonos en la anotación génica y la información de la literatura, se eligieron 16 genes candidatos en las regiones de , , , , y . El análisis de los genes candidatos a través de qRT-PCR, ensayos de complementación usando el mutante doble deficiente en la captación de Zn de levadura ZHY3, y la secuenciación de las cuatro líneas parentales sugirieron que puede desempeñar un papel importante en la acumulación de Zn en el arroz.