La germinación de semillas es un factor clave que contribuye al rendimiento de la siembra directa de arroz. Desentrañar la arquitectura genética que subyace a la germinación de semillas de arroz es fundamental para la cría de variedades de arroz sembradas directamente de élite. Sin embargo, solo se han caracterizado un número limitado de genes que regulan la germinación de semillas en arroz. En este estudio, implementamos un estudio de asociación a nivel del genoma (GWAS) para disecar la estructura genética de la germinación de semillas utilizando 131 accesiones de arroz. Identificamos seis loci estables (, , , , y ) asociados con la germinación de semillas en dos años consecutivos, todos los cuales estaban co-localizados con loci de rasgos cuantitativos (QTLs) previamente reportados. , que codifica una giberelina 2-oxidasa, fue identificado como el gen candidato más plausible del locus principal . La eliminación de provocó una germinación de semillas retrasada y un crecimiento de plántulas retardado. Una variante no sinónima (Chr7-218,245) dentro de la región codificante de podría estar estrechamente asociada con la variación en la germinación de semillas entre accesiones. La baja diversidad de nucleótidos en el locus en podría ser resultado de la selección durante la mejora del arroz. En conjunto, nuestros resultados proporcionan una base importante para dilucidar el mecanismo molecular subyacente a la germinación de semillas y la mejora genética de la vigorosidad de las semillas de arroz en el futuro.