Caracterización del genoma a nivel mundial de los NLR en L. y sus respuestas a la marchitez de las hojas en
Autores: Wang, Zhoutao; Xu, Fu; Ren, Hui; Lu, Guilong; Que, Youxiong; Xu, Liping
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2021
Acceso abierto
Artículo científico
2021
Caracterización del genoma a nivel mundial de los NLR en L. y sus respuestas a la marchitez de las hojas en
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Agronomía y Ciencia de los Cultivos
Palabras clave
Caña de azúcar
Desciframiento del genoma
Receptor NLR
Análisis filogenético
Regulador de transcripción
Resistencia SLB
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 28
Citaciones: Sin citaciones
La caña de azúcar es un cultivo importante para la producción de azúcar y energía, y la complejidad de su genoma ha frenado el progreso en su desciframiento y dificultado el análisis a nivel genómico del receptor de repeticiones ricas en leucina y sitio de unión de nucleótidos (NLR) hasta que se publicó el genoma de . A partir del genoma de , se identificaron 724 NLR alélicos y no alélicos que fueron clasificados en cinco tipos (N, NL, CN, CNL y P) según sus arquitecturas de dominio e integridad, y al menos 35 genes codificaban dominios no canónicos. El análisis filogenético indicó que los NLR que contenían el dominio de bobina-coil (CC) se separaron de aquellos que no lo tenían en seis especies de Poaceae, incluyendo . El análisis de motivos determinó las características y funciones potenciales de los 137 NLR no alélicos representativos, especialmente los motivos centrales contenidos en los dominios NBS y LRR, lo que indicó que los motivos estaban distribuidos regularmente entre los clados. A través de perfiles de sitios de unión de factores de transcripción (TFBS), se predijo que los reguladores de transcripción más importantes de los NLR en la caña de azúcar eran ERF, MIKC_MADS y C2H2. Además, basándonos en tres conjuntos de datos de transcriptoma de dos híbridos de caña de azúcar y un clon infectado por el patógeno fúngico necrotrófico que causa la quemadura de la hoja de la caña de azúcar (SLB), se comparó la dinámica de expresión de los NLR en respuesta a la infección en tres clones de caña de azúcar. La diferente base genética llevó a diferencias significativas en la respuesta de los NLR a la SLB en diferentes clones de caña de azúcar, y se obtuvo una inferencia del mecanismo potencial de resistencia a la SLB. Estos resultados proporcionaron una referencia básica y nuevas perspectivas para estudiar y utilizar los NLR.
Descripción
La caña de azúcar es un cultivo importante para la producción de azúcar y energía, y la complejidad de su genoma ha frenado el progreso en su desciframiento y dificultado el análisis a nivel genómico del receptor de repeticiones ricas en leucina y sitio de unión de nucleótidos (NLR) hasta que se publicó el genoma de . A partir del genoma de , se identificaron 724 NLR alélicos y no alélicos que fueron clasificados en cinco tipos (N, NL, CN, CNL y P) según sus arquitecturas de dominio e integridad, y al menos 35 genes codificaban dominios no canónicos. El análisis filogenético indicó que los NLR que contenían el dominio de bobina-coil (CC) se separaron de aquellos que no lo tenían en seis especies de Poaceae, incluyendo . El análisis de motivos determinó las características y funciones potenciales de los 137 NLR no alélicos representativos, especialmente los motivos centrales contenidos en los dominios NBS y LRR, lo que indicó que los motivos estaban distribuidos regularmente entre los clados. A través de perfiles de sitios de unión de factores de transcripción (TFBS), se predijo que los reguladores de transcripción más importantes de los NLR en la caña de azúcar eran ERF, MIKC_MADS y C2H2. Además, basándonos en tres conjuntos de datos de transcriptoma de dos híbridos de caña de azúcar y un clon infectado por el patógeno fúngico necrotrófico que causa la quemadura de la hoja de la caña de azúcar (SLB), se comparó la dinámica de expresión de los NLR en respuesta a la infección en tres clones de caña de azúcar. La diferente base genética llevó a diferencias significativas en la respuesta de los NLR a la SLB en diferentes clones de caña de azúcar, y se obtuvo una inferencia del mecanismo potencial de resistencia a la SLB. Estos resultados proporcionaron una referencia básica y nuevas perspectivas para estudiar y utilizar los NLR.