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Caracterización del genoma a nivel mundial de los NLR en L. y sus respuestas a la marchitez de las hojas en

Autores: Wang, Zhoutao; Xu, Fu; Ren, Hui; Lu, Guilong; Que, Youxiong; Xu, Liping

Idioma: Inglés

Editor: MDPI

Año: 2021

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Acceso abierto

Artículo científico
2021

Caracterización del genoma a nivel mundial de los NLR en L. y sus respuestas a la marchitez de las hojas en


Categoría

Ciencias Agrícolas y Biológicas

Subcategoría

Agronomía y Ciencia de los Cultivos

Palabras clave

Caña de azúcar
Desciframiento del genoma
Receptor NLR
Análisis filogenético
Regulador de transcripción
Resistencia SLB

Licencia

CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual

Consultas: 28

Citaciones: Sin citaciones


Descripción
La caña de azúcar es un cultivo importante para la producción de azúcar y energía, y la complejidad de su genoma ha frenado el progreso en su desciframiento y dificultado el análisis a nivel genómico del receptor de repeticiones ricas en leucina y sitio de unión de nucleótidos (NLR) hasta que se publicó el genoma de . A partir del genoma de , se identificaron 724 NLR alélicos y no alélicos que fueron clasificados en cinco tipos (N, NL, CN, CNL y P) según sus arquitecturas de dominio e integridad, y al menos 35 genes codificaban dominios no canónicos. El análisis filogenético indicó que los NLR que contenían el dominio de bobina-coil (CC) se separaron de aquellos que no lo tenían en seis especies de Poaceae, incluyendo . El análisis de motivos determinó las características y funciones potenciales de los 137 NLR no alélicos representativos, especialmente los motivos centrales contenidos en los dominios NBS y LRR, lo que indicó que los motivos estaban distribuidos regularmente entre los clados. A través de perfiles de sitios de unión de factores de transcripción (TFBS), se predijo que los reguladores de transcripción más importantes de los NLR en la caña de azúcar eran ERF, MIKC_MADS y C2H2. Además, basándonos en tres conjuntos de datos de transcriptoma de dos híbridos de caña de azúcar y un clon infectado por el patógeno fúngico necrotrófico que causa la quemadura de la hoja de la caña de azúcar (SLB), se comparó la dinámica de expresión de los NLR en respuesta a la infección en tres clones de caña de azúcar. La diferente base genética llevó a diferencias significativas en la respuesta de los NLR a la SLB en diferentes clones de caña de azúcar, y se obtuvo una inferencia del mecanismo potencial de resistencia a la SLB. Estos resultados proporcionaron una referencia básica y nuevas perspectivas para estudiar y utilizar los NLR.

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