Un análisis a nivel genómico de dos familias de factores de transcripción clave (TF; WRKY y NAC) involucrados en la respuesta a la sequía reveló 46 miembros WRKY y 66 miembros NAC del genoma. Un análisis filogenético agrupó las proteínas CpWRKY en tres grupos (I, II a, b, c, d, e y III), mientras que las proteínas CpNAC se agruparon en 15 grupos. También se analizaron los dominios conservados, la localización cromosómica y los elementos cis-actuantes del promotor. Además, a partir de un estudio previo de transcriptoma de dos genotipos contrastantes en respuesta a 14 días de estrés por déficit hídrico (WDS), encontramos que 29 de los 46 genes y 25 de los 66 genes se expresaron diferencialmente en respuesta al WDS. En el presente trabajo, el genotipo silvestre nativo (WG) (recolectado en su centro de origen) mostró consistentemente una mayor expresión (transcritos por millón; TPM y cambio de pliegue; FC) que el genotipo comercial (CG) en casi todos los miembros de las familias de genes. Para corroborar esto, seleccionamos y para una evaluación adicional mediante RT-qPCR. Consistentemente, el WG mostró niveles de expresión relativa más altos (REL) después de 14 días de WDS que el CG, tanto en las hojas como en las raíces. Los resultados sugieren que las familias de TF CpWRKY y CpNAC son importantes para la tolerancia a la sequía en esta especie. Los resultados también pueden sugerir que, durante el proceso de domesticación, la capacidad de los genotipos nativos (silvestres) para responder a la sequía (incluida la sobreexpresión de los genes) se redujo de alguna manera en los genotipos comerciales actuales.