El estrés alcalino es una de las principales limitaciones abióticas que restringen el crecimiento y desarrollo de las plantas. Sin embargo, la base genética subyacente a la tolerancia alcalina en la soja [(L.) Merr.] sigue siendo en gran medida inexplorada. En este estudio, se empleó un enfoque de análisis genómico integrado para elucidar la arquitectura genética de la tolerancia alcalina en un panel diverso de 326 cultivares de soja. A través del mapeo de asociación, detectamos 28 polimorfismos de nucleótido único (SNPs) significativamente asociados con la tolerancia alcalina. Al examinar las distancias genómicas alrededor de estos SNPs significativos, se caracterizaron cinco regiones genómicas como loci de rasgos cuantitativos (QTLs) estables, que fueron designados como , , , y . Estos QTLs se informan aquí por primera vez en soja. Se identificaron diecisiete genes candidatos putativos dentro de los intervalos físicos de estos QTLs. El análisis de haplotipos indicó que cuatro de estos genes candidatos mostraron una variación alélica significativa asociada con rasgos relacionados con la tolerancia alcalina, y los alelos de haplotipo para estos cuatro genes variaron en número de dos a cuatro. Los hallazgos de este estudio pueden tener importantes implicaciones para los programas de mejoramiento de la soja destinados a mejorar la tolerancia alcalina.