Estudio de asociación de todo el genoma para la resistencia a Rhynchosporium en una colección diversa de germoplasma de cebada de primavera
Autores: Thauvin, Jean-Noël; Russell, Joanne; Vequaud, Dominique; Looseley, Mark; Bayer, Micha; Le Roux, Pierre-Marie; Pin, Pierre; Waugh, Robbie; Avrova, Anna
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2022
Acceso abierto
Artículo científico
2022
Estudio de asociación de todo el genoma para la resistencia a Rhynchosporium en una colección diversa de germoplasma de cebada de primavera
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Agronomía y Ciencia de los Cultivos
Palabras clave
Rhynchosporium
Producción de cebada
Resistencias genéticas
Diversidad alélica
Mapeo de asociación
QTL
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 22
Citaciones: Sin citaciones
Rhynchosporium es uno de los principales estreses bióticos en la producción de cebada a nivel mundial. Un conjunto de 312 accesiones de cebada de primavera fue probado en cuatro ubicaciones diferentes durante 3 años, para identificar resistencias genéticas novedosas a rhynchosporium y explorar la diversidad alélica de los genes de resistencia presentes en esta colección global de germoplasma. Genotipos de alta densidad de captura de exoma y RNA-seq fueron utilizados para llevar a cabo un mapeo de asociación de alta resolución. Se detectaron siete loci de rasgos cuantitativos (QTL), incluyendo uno en la región, entre cinco que contenían resistencias conocidas. Se propusieron intervalos físicos relativamente cortos que albergan estas resistencias, proporcionando una plataforma para la identificación de genes subyacentes y marcadores genéticos estrechamente ligados para su uso en la selección asistida por marcadores. Genes que codifican quinasas estaban presentes en cuatro de los QTL, además de y , dos loci conocidos por contribuir a la resistencia a rhynchosporium. Las frecuencias y distribuciones de estos QTL novedosos y conocidos se superpusieron en el origen regional de los genotipos de landrace que componen el panel de estudios de asociación de todo el genoma (GWAS), resaltando el valor de los recursos genéticos como fuente de resistencia diversa controlada genéticamente a rhynchosporium. Los QTL detectados junto con sus marcadores genéticos ligados, podrían ser explotados ya sea directamente para fines de mejoramiento o para la identificación de genes candidatos en futuros estudios.
Descripción
Rhynchosporium es uno de los principales estreses bióticos en la producción de cebada a nivel mundial. Un conjunto de 312 accesiones de cebada de primavera fue probado en cuatro ubicaciones diferentes durante 3 años, para identificar resistencias genéticas novedosas a rhynchosporium y explorar la diversidad alélica de los genes de resistencia presentes en esta colección global de germoplasma. Genotipos de alta densidad de captura de exoma y RNA-seq fueron utilizados para llevar a cabo un mapeo de asociación de alta resolución. Se detectaron siete loci de rasgos cuantitativos (QTL), incluyendo uno en la región, entre cinco que contenían resistencias conocidas. Se propusieron intervalos físicos relativamente cortos que albergan estas resistencias, proporcionando una plataforma para la identificación de genes subyacentes y marcadores genéticos estrechamente ligados para su uso en la selección asistida por marcadores. Genes que codifican quinasas estaban presentes en cuatro de los QTL, además de y , dos loci conocidos por contribuir a la resistencia a rhynchosporium. Las frecuencias y distribuciones de estos QTL novedosos y conocidos se superpusieron en el origen regional de los genotipos de landrace que componen el panel de estudios de asociación de todo el genoma (GWAS), resaltando el valor de los recursos genéticos como fuente de resistencia diversa controlada genéticamente a rhynchosporium. Los QTL detectados junto con sus marcadores genéticos ligados, podrían ser explotados ya sea directamente para fines de mejoramiento o para la identificación de genes candidatos en futuros estudios.