La criopreservación es un método ampliamente utilizado para la conservación del semen en programas de cría animal. Sin embargo, este proceso puede tener un efecto perjudicial en la calidad del esperma, especialmente en términos de su morfología. Los trastornos resultantes del esperma aumentan el riesgo de una capacidad de fertilización reducida, lo que representa una amenaza seria para la eficacia a largo plazo de la reproducción y cría del ganado. Comprender los factores genéticos subyacentes a estos efectos es fundamental para mantener la calidad del esperma durante la criopreservación y para la fertilidad animal en general. En este sentido, realizamos un estudio de asociación a nivel del genoma para identificar regiones genómicas asociadas con diversas anomalías del esperma criopreservado en ganado Holstein, utilizando marcadores de polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) a través de un ensayo de genotipado de alta densidad. Nuestro análisis reveló una asociación significativa de SNPs específicos y genes candidatos con la ausencia de acrosomas, cuellos y colas de células dañadas, así como acrosomas arrugados y disminución de la motilidad del esperma criopreservado. Como resultado, identificamos genes candidatos como , , , y , así como microARNs ( y ) que pueden desempeñar un papel crítico en la morfología y trastornos del esperma. Estos hallazgos proporcionan información crucial sobre los mecanismos moleculares subyacentes a la integridad del acrosoma, la motilidad, las anomalías de la cabeza y los cuellos y colas de células dañadas del esperma después de la criopreservación. Se necesitan más estudios con tamaños de muestra más grandes, cobertura a nivel del genoma y validación funcional para explorar variantes causales con más detalle, aclarando así los mecanismos que median estos efectos. En general, nuestros resultados contribuyen a la comprensión de la arquitectura genética en la calidad del semen criopreservado y los trastornos en los toros, sentando las bases para una mejor reproducción y cría animal.