El porcentaje de grasa abdominal (AFP) es un rasgo económico importante en las gallinas. La selección intensiva para el crecimiento ha llevado a una sobre-deposición de grasa abdominal en las gallinas, pero la base genética del AFP aún no está clara. Utilizando 520 individuos hembras de líneas de selección y control de la gallina amarilla Jingxing, investigamos la base genética del AFP mediante un estudio de asociación del genoma completo (GWAS) y los índices de fijación (F). Se localizó una región de 0.15 MB asociada con el AFP en el cromosoma 27 que incluía nueve polimorfismos de nucleótido único (SNPs) significativos, que podrían explicar entre el 3.34% y el 5.58% de la variación fenotípica. Además, el valor, la frecuencia del genotipo y los resultados de la dual-luciferasa identificaron el SNP rs312715211 en la región intrónica como la variante clave. El genotipo salvaje se asoció con un menor AFP y peso de grasa abdominal (AFW), pero con un mayor peso corporal (BW). Finalmente, los genes anotados basados en los SNPs del 1% superior se utilizaron para investigar la función fisiológica. El análisis de la Enciclopedia de Kyoto de Genes y Genomas (KEGG) sugirió que podría reducir el AFW y el BW en los pollos de engorde a través de las vías TGF-beta1/SMad2/3 y MAPK/FoxO. Nuestros hallazgos elucidaron la base genética del AFP en las gallinas, el rs312715211 en el gen, que puede afectar el BW y el AFW y fue la variante clave asociada con el AFP. Estos datos proporcionan una nueva perspectiva sobre el mecanismo genético subyacente a la deposición de grasa abdominal en las gallinas y podrían ser beneficiosos en la cría de gallinas para la grasa abdominal.