La germinación de semillas es un requisito previo para la producción de cultivos. La protrusión es importante para la germinación de semillas, y la protrusión visible de la raíz a través de las capas de cobertura de la semilla es la segunda fase del proceso de germinación de semillas. Analizar el mecanismo de protrusión es importante para el cultivo de variedades de arroz. En este estudio, se utilizaron 302 poblaciones de germoplasma microcore para el GWAS del porcentaje de protrusión (PP). La distribución de frecuencia del PP a las 48 h y 72 h es continua, y se identificaron seis QTLs asociados al PP, pero solo se detectó repetidamente dos veces. El análisis de genes candidatos mostró que, y fueron los genes candidatos para, y, respectivamente. El análisis de haplotipos (Hap) reveló que Hap1 de, Hap1 y 3 de y Hap2 y 5 de son alelos élite para el PP. La validación adicional del fenotipo de germinación de estos genes candidatos mostró que Hap1 de es un alelo favorable para el porcentaje de germinación; Hap3 de es un alelo élite para la germinación de semillas; y Hap5 de es un alelo élite para el PP, el porcentaje de germinación y el índice de vigor. Los resultados de este estudio identificaron tres genes candidatos putativos que proporcionan información valiosa para comprender el control genético de la protrusión de semillas en arroz.