Huanglongbing (HLB) es una enfermedad destructiva en plantas cítricas, supuestamente causada por la bacteria Liberibacter asiaticus (CLas), que actualmente no tiene cura. En este estudio, examinamos los genomas de 48 cepas de Liberibacter e identificamos 191 profagos, que son entidades similares a virus encontradas dentro de los genomas bacterianos. Estos profagos fueron clasificados en 17 tipos, 13 de los cuales fueron descubiertos recientemente. Nuestro análisis mostró que el número de profagos variaba entre los genomas, e identificamos seis procesos biológicos clave afectados por estos profagos, como cambios en la expresión génica y respuestas al estrés. Algunos profagos contenían genes vinculados a factores de virulencia, lo que podría ayudar en la propagación global de CLas. Notablemente, 19 de los profagos identificados del Tipo 4 estaban activos, lo que sugiere su potencial para desarrollar terapia con fagos como tratamiento para el HLB. Esta investigación contribuye con valiosos conocimientos sobre la diversidad de Liberibacter y cómo los profagos interactúan con su huésped.