Con el nacimiento de la tecnología de secuenciación de próxima generación (NGS), los datos genómicos en bases de datos públicas han aumentado exponencialmente. Desafortunadamente, la contaminación exógena o las secuencias de parásitos intracelulares en los ensamblajes podrían confundir el análisis genómico. Mientras tanto, pueden proporcionar un recurso valioso para estudios de interacciones huésped-microbio. Aquí, utilizamos una estrategia basada en códigos de barras de ADN para escanear la contaminación protista en la base de datos WGS/TSA de GenBank. Los resultados mostraron un total de 13,952 ensamblajes metazoos/animales en GenBank, donde se encontraron 17,036 contigs que eran contaminantes protistas en 1507 ensamblajes (10.8%), con tasas de contaminación aún más altas en los taxones de Cnidaria (150/281), Crustacea (237/480) y Mollusca (107/410). El análisis taxonómico de los protistas derivados de estos contigs mostró variaciones en la abundancia y uniformidad de la contaminación protista a través de diferentes taxones metazoos, reflejando las preferencias del huésped de Apicomplexa, Ciliophora, Oomycota y Symbiodiniaceae por mamíferos y aves, Crustacea, insectos y Cnidaria, respectivamente. Finalmente, se predijeron proteínas mitocondriales COX1 y CYTB a partir de estos contigs, y el análisis filogenético corroboró el origen protista y la distribución heterogénea de los contigs contaminados. En general, en este estudio, realizamos un escaneo a gran escala de contaminantes protistas en recursos genómicos, y las secuencias protistas detectadas ayudarán a descubrir la diversidad protista y las relaciones de estos picoeucariotas con Metazoa.