Las quinas de proteínas dependientes de calcio (CDPKs) son cruciales para el desarrollo de las plantas y las respuestas al estrés. En este estudio, realizamos un análisis genómico integral de la familia de genes en el nogal pecan y evaluamos sus posibles roles en las respuestas al estrés salino. Se identificaron un total de 31 genes y se clasificaron en cuatro subgrupos a través de un análisis filogenético. Los análisis estructurales y de promotores revelaron motivos conservados y elementos reguladores vinculados a las respuestas al estrés. El análisis de duplicación de genes mostró que los eventos de WGD y DSD fueron los principales impulsores de la expansión, moldeados por la selección purificadora. Las anotaciones de GO y KEGG destacaron roles en la actividad de quinasas, unión de calcio y transducción de señales, mientras que las redes de interacción sugirieron participación en la regulación de ROS y la fosforilación dependiente de ATP. Los patrones de expresión específicos de tejidos indicaron roles distintos, con y predominantemente expresados en flores masculinas y semillas, respectivamente. Los datos del transcriptoma mostraron que exhibieron respuestas distintas al estrés abiótico y biótico, destacando su especialización funcional bajo diversas condiciones. El análisis de qRT-PCR confirmó aún más la participación de 16 en la adaptación al estrés salino, apoyando sus roles críticos en las vías de transducción de señales durante el estrés por salinidad. Este estudio proporciona información sobre funciones, ofreciendo aplicaciones potenciales en la mejora de variedades de nogal pecan con mayor tolerancia a la sal.