La soja (L.) es una fuente de proteínas vegetales, aceites y aminoácidos de importancia global tanto para los humanos como para el ganado. La soja silvestre (Sieb. y Zucc.), el ancestro de la soja cultivada, podría ser una fuente genética útil para aumentar estos componentes en los cultivos de soja. En este estudio, se investigaron 96,432 polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) en 203 accesiones de soja silvestre del array de SNPs Axiom Soya 180K utilizando un análisis de asociación. El contenido de proteínas y aceites mostró una correlación negativa altamente significativa, mientras que los 17 aminoácidos mostraron una correlación positiva altamente significativa entre sí. Se realizó un estudio de asociación a nivel genómico (GWAS) sobre el contenido de proteínas, aceites y aminoácidos utilizando las 203 accesiones de soja silvestre. Un total de 44 SNPs significativos se asociaron con el contenido de proteínas, aceites y aminoácidos. y, que contenían SNPs detectados en el GWAS, fueron seleccionados como nuevos genes candidatos para el contenido de proteínas y aceites, respectivamente. Además, y fueron seleccionados como nuevos genes candidatos para nueve de los aminoácidos (Ala, Asp, Glu, Gly, Leu, Lys, Pro, Ser y Thr). Se espera que la identificación de los marcadores SNP relacionados con el contenido de proteínas, aceites y aminoácidos reportados en el presente estudio ayude a mejorar la calidad de los programas de cría selectiva para la soja.