El contenido de micronutrientes es un aspecto importante de la calidad de los alimentos y ha estado amenazado tras un aumento en la producción después de la revolución verde. El calcio (Ca) y el magnesio (Mg) son los micronutrientes que son cofactores de muchas enzimas y desempeñan un papel crítico en la fisiología humana. Decifrar la acumulación de estos micronutrientes en el trigo y la identificación de QTLs asociados con estos elementos es muy significativo para reducir el riesgo de desnutrición en los humanos. Aquí, se realizó un estudio de asociación a nivel genómico (GWAS) de 105 líneas de un panel de élite de la Iniciativa de Mapeo de Asociación de Trigo (WAMI) para las dos temporadas de cultivo de 2021-2022 y 2022-2023 para el contenido de calcio y magnesio en grano (GCaC y GMgC). Notablemente, se encontraron dos asociaciones de rasgos de marcadores (MTAs), wsnp_Ex_c2718_5038582, Kukri_c11327_977 y RAC875_c9984_1003, para el GCaC, y de manera similar se identificaron tres MTAs (Tdurum_contig28802_213, wsnp_Ex_c34597_42879693 y RFL_Contig6053_3082) para el GMgC en ambas temporadas de cultivo, demostrando su utilidad y no redundancia. También se identificó un MTA asociado con un marcador SNP (wsnp_Ex_c34597_42879718) en las dos temporadas y fue significativo tanto para el GCaC como para el GMgC. El análisis de genes candidatos mostró la asociación de estos MTAs con algunos de los genes muy vitales asociados con actividades donde el Ca y el Mg desempeñan roles significativos. Nuestro estudio amplía la comprensión sobre el control genético de la acumulación de Ca y Mg en el trigo y la utilización de esta información para futuros programas de mejoramiento, en los que se puede diseñar y llevar a cabo la mejora del trigo con un aumento de Ca y Mg.