Los genomas de las plantas son más grandes y complejos que los de otros organismos eucariotas, debido a eventos de duplicación pequeños y grandes, recombinación y posterior reorganización del material genético. El algodón, de importancia comercial, es el resultado de un evento de poliploidia entre algodones del Viejo y Nuevo Mundo que ocurrió hace más de un millón de años. El algodón alotetraploide tiene propiedades que son drásticamente diferentes de sus progenitores, siendo más notable la presencia de fibras largas y hilables. Recientemente, se completó el genoma completo de una especie ancestral de algodón del Nuevo Mundo. Los esfuerzos futuros de secuenciación del genoma se centran en un progenitor del Viejo Mundo. Esta información de secuencia nos permitirá obtener información sobre la evolución del genoma del algodón que puede ser utilizada para entender la evolución de otras especies de plantas. Se han determinado los genomas de cloroplastos de múltiples especies y razas de algodón. Esta información también se ha utilizado para obtener información sobre la historia evolutiva del algodón. El análisis de la base de datos de secuencias nucleares y organela facilitará la identificación de posibles genes de interés y el posterior desarrollo de estrategias para mejorar el algodón.