Investigación basada en marcadores SSR y SNP de las variedades autóctonas de arroz de la India en relación con su diversidad genética, estructura de la población y aislamiento geográfico
Autores: Choudhury, Debjani Roy; Kumar, Ramesh; Maurya, Avantika; Semwal, Dinesh P.; Rathi, Ranbir S.; Gautam, Raj K.; Trivedi, Ajaya K.; Bishnoi, Santosh K.; Ahlawat, Sudhir P.; Singh, Kuldeep; Singh, Nagendra K.; Singh, Rakesh
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
2023
Investigación basada en marcadores SSR y SNP de las variedades autóctonas de arroz de la India en relación con su diversidad genética, estructura de la población y aislamiento geográfico
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas Generales
Palabras clave
Abundancia
Razas de arroz
Marcadores SSR
Marcadores SNP
Estructura genética
Aislamiento geográfico
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 24
Citaciones: Sin citaciones
India está bendecida con una abundancia de diversos germoplasmas de arroz en sus áreas de cultivo tradicionales. Se utilizaron dos sistemas de marcadores (repeticiones simples en secuencia (SSR) y polimorfismos de nucleótido único (SNP)) para estudiar un conjunto de 298 accesiones de germoplasmas de arroz recopiladas de seis regiones diferentes de India (Islas Andamán y Nicobar, Chhattisgarh, Jharkhand, Uttar Pradesh, Uttarakhand y Bengala Occidental). Se utilizaron treinta repeticiones simples en secuencia hiper variables (HvSSRs) y 32,782 polimorfismos de nucleótido único (SNPs) para inferir la estructura genética y el aislamiento geográfico. Los germoplasmas de arroz de Uttar Pradesh fueron los más diversos, con un valor de diversidad génica de 0.42 y 0.49 con marcadores SSR y SNP, respectivamente. Los árboles de unión de vecinos clasificaron los germoplasmas de arroz en dos grupos principales con marcadores SSR y SNP, y se observó un aislamiento geográfico completo con marcadores SSR. El análisis de estructura rápida (Fast STRUCTURE) reveló cuatro poblaciones para marcadores SSR y tres poblaciones para marcadores SNP. La estructura de la población con marcadores SSR mostró que algunos individuos de Uttarakhand e Islas Andamán y Nicobar se agruparon en pequeños cúmulos. El análisis de estructura de la población con marcadores SNP no mostró agrupamientos muy distintos por regiones entre los germoplasmas de arroz. El análisis discriminante de componentes principales (DAPC) y la red mínima de expansión (MSN) utilizando marcadores SSR mostraron un agrupamiento por regiones de los germoplasmas con cierta mezcla, pero DAPC y MSN con marcadores SNP mostraron un agrupamiento por regiones muy claro. La diferenciación genética de los germoplasmas de arroz entre las regiones fue significativa tanto con marcadores SSR (Fst 0.094-0.487) como con marcadores SNP (Fst 0.047-0.285). Una prueba de Mantel reveló una correlación positiva entre la distancia genética y geográfica de los germoplasmas de arroz. El estudio actual concluye que los germoplasmas de arroz investigados en este estudio eran muy diversos, y los marcadores SSR no vinculados muestran un mejor aislamiento geográfico que un gran conjunto de marcadores SNP.
Descripción
India está bendecida con una abundancia de diversos germoplasmas de arroz en sus áreas de cultivo tradicionales. Se utilizaron dos sistemas de marcadores (repeticiones simples en secuencia (SSR) y polimorfismos de nucleótido único (SNP)) para estudiar un conjunto de 298 accesiones de germoplasmas de arroz recopiladas de seis regiones diferentes de India (Islas Andamán y Nicobar, Chhattisgarh, Jharkhand, Uttar Pradesh, Uttarakhand y Bengala Occidental). Se utilizaron treinta repeticiones simples en secuencia hiper variables (HvSSRs) y 32,782 polimorfismos de nucleótido único (SNPs) para inferir la estructura genética y el aislamiento geográfico. Los germoplasmas de arroz de Uttar Pradesh fueron los más diversos, con un valor de diversidad génica de 0.42 y 0.49 con marcadores SSR y SNP, respectivamente. Los árboles de unión de vecinos clasificaron los germoplasmas de arroz en dos grupos principales con marcadores SSR y SNP, y se observó un aislamiento geográfico completo con marcadores SSR. El análisis de estructura rápida (Fast STRUCTURE) reveló cuatro poblaciones para marcadores SSR y tres poblaciones para marcadores SNP. La estructura de la población con marcadores SSR mostró que algunos individuos de Uttarakhand e Islas Andamán y Nicobar se agruparon en pequeños cúmulos. El análisis de estructura de la población con marcadores SNP no mostró agrupamientos muy distintos por regiones entre los germoplasmas de arroz. El análisis discriminante de componentes principales (DAPC) y la red mínima de expansión (MSN) utilizando marcadores SSR mostraron un agrupamiento por regiones de los germoplasmas con cierta mezcla, pero DAPC y MSN con marcadores SNP mostraron un agrupamiento por regiones muy claro. La diferenciación genética de los germoplasmas de arroz entre las regiones fue significativa tanto con marcadores SSR (Fst 0.094-0.487) como con marcadores SNP (Fst 0.047-0.285). Una prueba de Mantel reveló una correlación positiva entre la distancia genética y geográfica de los germoplasmas de arroz. El estudio actual concluye que los germoplasmas de arroz investigados en este estudio eran muy diversos, y los marcadores SSR no vinculados muestran un mejor aislamiento geográfico que un gran conjunto de marcadores SNP.