Los efectos genéticos maternos (EGM) podrían afectar características de calidad de la carne, como la grasa intramuscular (GI) y su composición de ácidos grasos. Sin embargo, ha sido escasamente estudiado, especialmente en conejos. Los objetivos del presente estudio fueron, primero, evaluar la importancia de los EGM en la grasa intramuscular y la composición de ácidos grasos aplicando un modelo animal materno bayesiano en dos líneas de conejos seleccionadas divergentemente para GI. El segundo objetivo fue identificar regiones genómicas y genes candidatos de EGM que están asociados con las características de estos descendientes, utilizando métodos bayesianos en un estudio de asociación del genoma completo (GWAS). Se realizaron análisis cuantitativos utilizando datos de 1982 conejos, y se utilizaron 349 animales de la novena generación y 76 madres de la octava generación con 88,512 SNPs para el GWAS. Las características estudiadas fueron GI, ácidos grasos saturados (SFA total, C14:0; ácido mirístico, C16:0; ácido palmítico y C18:0; ácido esteárico), ácidos grasos monoinsaturados (MUFA total, C16:1n-7; ácido palmítico y C18:1n-9; ácido oleico), ácidos grasos poliinsaturados (PUFA total, C18:2n-6; ácido linoleico, C18:3n-3; ácido alfa-linolénico y C20:4n-6; ácido araquidónico), MUFA/SFA y PUFA/SFA. La proporción de varianza fenotípica explicada por el efecto genético materno osciló entre el 8 y el 22% para GI, dependiendo del modelo. Para la composición de ácidos grasos, la proporción de varianza fenotípica explicada por los efectos genéticos maternos varió del 10% (C18:0) al 46% (MUFA) en un modelo que incluía tanto efectos genéticos maternos directos como aditivos, junto con el efecto común de camada como variable aleatoria. En particular, hubo correlaciones genéticas maternas directas significativas para C16:0, C18:1n9, C18:2n6, SFA, MUFA y PUFA con valores que oscilaban entre -0.53 y -0.89. Se localizaron regiones genómicas relevantes asociadas en los cromosomas de conejo (OCU) OCU1, OCU5 y OCU19 que contienen algunos candidatos relevantes relacionados con el metabolismo de lípidos, unión y obesidad. Estas regiones explicaron entre el 1.2 y el 13.9% de la varianza genómica total de las características estudiadas. Nuestros resultados mostraron un importante efecto genético materno sobre la GI y su composición de ácidos grasos en conejos e identificaron genes candidatos prometedores asociados con estas características.