El presente estudio tuvo como objetivo contribuir a la limitada investigación sobre las características del semen de búfalo incorporando datos genómicos. Se recolectaron un total de 8465 eyaculados. El procedimiento de genotipificación se llevó a cabo utilizando el array de genotipificación Axiom Buffalo 90 K diseñado por el Programa de Diseño de Expertos de Affymetrix. Después de realizar una evaluación de calidad, utilizamos 67,282 SNPs genotipificados en 192 animales. Identificamos varios loci genómicos que explican una alta varianza genética mediante la evaluación genómica de un solo paso. Las regiones mencionadas se localizaron en los cromosomas de búfalo números 3, 4, 6, 7, 14, 16, 20, 22 y el cromosoma X. El cromosoma X mostró una influencia sustancial, representando el 4.18, 4.59, 5.16, 5.19 y 4.31% de la varianza genómica para el volumen del eyaculado, la motilidad masiva, la viabilidad, la anormalidad y la concentración, respectivamente. En las regiones genómicas examinadas, identificamos cinco nuevos genes candidatos relacionados con la fertilidad masculina y la espermatogénesis, cuatro en el cromosoma X y uno en el cromosoma número 16. Es imperativo realizar investigaciones adicionales extensas con tamaños de muestra y conjuntos de datos más grandes para validar estos hallazgos y evaluar su aplicabilidad para la selección genómica.