Mejorar la germinación de semillas y el desarrollo de plántulas puede aumentar potencialmente el rendimiento de los cultivos y mejorar la calidad en el arroz sembrado directamente. Este estudio tuvo como objetivo detectar loci o genes asociados con la germinación de semillas de arroz. Informamos el análisis fenotípico de la germinación de semillas en 103 accesiones de arroz durante dos años, y se realizó un estudio de asociación a nivel genómico (GWAS) para identificar loci que subyacen a la regulación genética de la germinación de semillas. Se encontraron un total de siete loci genéticos asociados con la germinación de semillas, incluidos cinco loci que se superponían con los loci/genes previamente reportados, y dos loci novedosos. De estos, dos loci ( y ) fueron estables en diferentes ambientes. (), que codifica una 9-cis-epoxicarotenoido dioxigenasa, fue identificado como el gen candidato del locus principal . Un análisis de secuencia de reveló que cuatro sitios polimórficos funcionales en la región codificante estaban significativamente asociados con el porcentaje de germinación. La interrupción de mediante edición génica resultó en una germinación de semillas más rápida y un establecimiento de plántulas. En conjunto, hemos identificado como un gen novedoso involucrado en la germinación de semillas de arroz, y proporcionamos un gen objetivo potencial para mejorar la vigorosidad de las semillas de arroz mediante edición génica o cría molecular.