La mastitis es un desafío serio para la industria láctea, que conduce a pérdidas económicas y afecta la calidad de la leche. El objetivo de este estudio es identificar factores genéticos asociados con la resistencia a la mastitis mediante la realización de un estudio de asociación del genoma completo (GWAS) para el puntaje de células somáticas (SCS). Se obtuvieron registros fenotípicos de 350 vacas Holstein Friesian de la base de datos del Esquema de Registro de Ganado de Eslovenia y consistieron en alrededor de 1500 datos de lactancia desde 2012 hasta 2023 recopilados en una sola granja en Eslovenia. También se recuperaron datos genotípicos correspondientes de la misma base de datos y se genotiparon utilizando el Illumina BovineSNP50 BeadChip (Illumina, Inc., San Diego, CA, EE. UU.). Para el estudio de asociación, se consideraron tres parámetros de SCS, incluyendo el puntaje medio de células somáticas de lactancia (LM_SCS), el valor máximo de SCS (SCSMAX) y el valor medio de SCS de los tres mejores (TOP3). Después de realizar un GWAS utilizando los modelos FarmCPU y BLINK, se encontraron cinco SNPs significativos asociados con el rasgo TOP3 en BTA 14, 15, 22 y 29. Los marcadores SNP identificados estaban estrechamente vinculados a seis genes candidatos conocidos (CD44). Estos resultados indican marcadores genéticos potenciales asociados con SCS en la población Holstein Friesian eslovena.