Los rasgos de producción de huevos son cruciales en la industria avícola, incluyendo la edad al primer huevo (AFE), el número de huevos (EN) en diferentes etapas y la tasa de puesta (LR). Los patos exhiben una mayor capacidad de producción de huevos que otras especies avícolas, pero los mecanismos genéticos aún se comprenden poco. En este estudio, recopilamos datos de puesta de 618 patos de Pekín de 22 a 66 semanas de edad y los genotipamos mediante resecuenciación de genoma completo. Se calcularon parámetros genéticos basados en SNPs, y se realizó un estudio de asociación del genoma completo (GWAS) para estos rasgos. La heredabilidad basada en SNP de los rasgos de producción de huevos varió de 0.09 a 0.54. El GWAS identificó nueve loci SNP significativos asociados con AFE y el número de huevos de 22 a 66 semanas. Estos loci mostraron que los alelos correspondientes estaban correlacionados positivamente con una disminución en los rasgos. Además, se identificaron tres genes candidatos potenciales (ENSAPLG00020011445, ENSAPLG00020012564, TMEM260). Los análisis de enriquecimiento funcional sugieren que respuestas inmunitarias específicas pueden tener un impacto crítico en la capacidad de producción de huevos al influir en la función ovárica y los procesos de maduración de ovocitos. En conclusión, este estudio profundiza la comprensión de la genética de la puesta de huevos en el pato de Pekín y proporciona una base teórica sólida para futuras estrategias de mejora genética y selección genómica en avicultura.