Las variaciones alélicas en un panel de diversidad de 353 accesiones de papas, que incluyen 256 accesiones pertenecientes al sub spp. , 49 accesiones pertenecientes al sub spp. , y 48 variedades de papas indias fueron analizadas utilizando 25 marcadores de repetición de secuencias simples (SSR). Los perfiles alélicos de SSR revelaron altos niveles de polimorfismo y distinción entre las accesiones estudiadas. Un total de 343 alelos de 25 marcadores SSR fueron observados en el panel de diversidad de 353 accesiones de papas tetraploides altamente diversas. El número de alelos producidos por SSR varió de 8 para el marcador STM1053 a 25 para el marcador STIKA. El contenido de información polimórfica (PIC) varió de 0.66 (STG0010) a 0.93 (STM1106) con un promedio de 0.82. El análisis de conglomerados utilizando los perfiles alélicos de SSR de 353 accesiones dividió a la población en cinco grupos principales. El mapeo de asociación para la resistencia al tizón tardío identificó seis marcadores con el modelo lineal general (GLM), y de estos seis marcadores, la significancia de tres marcadores fue reconfirmada con el modelo lineal mixto (MLM). Los hallazgos de este estudio sugieren que los SSR son los marcadores apropiados para evaluar la diversidad genética y la estructura de la población dentro de diferentes colecciones de germoplasma de papa. Se observó una diversidad significativa entre las accesiones de papas tetraploides. Además, los marcadores identificados en este estudio podrían ser útiles en la selección asistida por marcadores (MAS) en la cría de papas para la resistencia al tizón tardío (LBR).