El kenaf (L.), de la familia Malvaceae, es un cultivo importante no solo para la producción de fibra, sino también para varios otros materiales industriales. Realizamos un análisis filogenético y un estudio de asociación a nivel genómico (GWAS) de siete rasgos agronómicos: días hasta la floración, altura de la planta, peso fresco, peso seco, color de la flor, color del tallo y forma de la hoja, utilizando 96 genotipos de kenaf, incluidas líneas mutantes derivadas de irradiación gamma. Los genotipos se determinaron mediante genotipado por secuenciación (GBS) y se utilizaron un total de 49,241 polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) en el análisis. Los días hasta la floración, la altura de la planta, el peso fresco y el peso seco estaban positivamente correlacionados entre sí, y el color del tallo también estaba correlacionado con el peso fresco y el peso seco. El análisis filogenético dividió las 96 líneas en nueve grupos relacionados dentro de dos grupos independientes, y el análisis GWAS detectó un total de 49 SNP para días hasta la floración, altura de la planta, peso fresco, peso seco, color de la flor, color del tallo y forma de la hoja con -log() >= 4, de los cuales 22 estaban ubicados en regiones génicas. Los SNP detectados se encontraban en genes con homología que variaba del 45% al 96% con plantas de las familias Malvaceae y Betulaceae, y se encontró que estos genes estaban involucrados en el crecimiento y desarrollo de las plantas a través de diversas vías. Nuestra identificación de marcadores SNP relacionados con rasgos agronómicos se espera que ayude a mejorar la calidad de los programas de cría selectiva para el kenaf.