Los marcadores específicos son cruciales para el análisis de la diversidad genética, la estructura de la población, los rasgos evolutivos y el estudio de asociación a nivel genómico (GWAS) de accesiones de germoplasma. Este estudio desarrolló 402 marcadores polimórficos de inserción-deleción (InDel) basados en el re-secuenciamiento de cuatro variedades de arroz y tres cultivares de arroz. Estos marcadores InDel estaban distribuidos uniformemente en los 12 cromosomas de arroz con alta polimorfismo y buena especificidad de amplificación. La densidad promedio de marcadores InDel en cada cromosoma fue de 0.95 Mb por locus. Sobre la base de estos marcadores InDel, se realizaron análisis de diversidad genética y GWAS para 12 rasgos relacionados con la tolerancia a la sal utilizando 182 accesiones de arroz. En total, se detectaron 1204 variantes alélicas, con un promedio de 3.00 alelos y 2.10 alelos efectivos por locus. Basado en el análisis de la estructura de la población, las 182 accesiones de arroz se dividieron en cuatro subgrupos. Los análisis de GWAS revelaron un total de 14 InDels relacionados con la tolerancia a la sal, que se ubicaron en los cromosomas 1-5, 9, 10 y 12. Se identificaron veintiocho loci alélicos, que explicaban del 6.83% al 11.22% de la varianza fenotípica. El análisis de haplotipos detectó seis marcadores InDel asociados con rasgos relacionados con la tolerancia a la sal que eran significativamente diferentes ( < 0.05) o altamente significativamente diferentes ( < 0.01) entre diferentes haplotipos. Estos marcadores pueden ser utilizados para la identificación molecular de accesiones de germoplasma de arroz tolerantes a la sal.