Las sanguijuelas son importantes gusanos segmentados valorados por sus usos médicos y farmacéuticos. En este estudio, investigamos la genética poblacional de la sanguijuela búfalo asiática del sur de China utilizando marcadores mitocondriales. Obtuvimos secuencias genéticas completas de 13 genes de 74 sanguijuelas recolectadas en siete ubicaciones. Encontramos que la diversidad de haplotipos aumenta a medida que la longitud del gen aumenta, mientras que la diversidad de nucleótidos mostró un patrón alternante de valores bajos y altos. La alta diversidad de haplotipos junto con la baja diversidad de nucleótidos en todas las poblaciones indica un cuello de botella poblacional histórico seguido de un crecimiento rápido y acumulación de mutaciones. Un análisis adicional reveló una diferenciación genética moderada, resolviendo las poblaciones en tres clústeres de divergencia primaria: el más antiguo (Yunnan), intermedio (Guangxi) y el más joven (Guangdong y Hainan). Al examinar los cambios en el tamaño de la población a lo largo del tiempo, identificamos cinco fases: crecimiento inicial, estabilidad prolongada, un declive pronunciado, un crecimiento rápido y una disminución subsiguiente. Estos cambios se correlacionaron con cambios climáticos históricos, particularmente las edades de hielo, que influyeron significativamente en los tamaños de las poblaciones de sanguijuelas. Este estudio proporciona información genética clave para ayudar a conservar y utilizar recursos.