Los objetivos de este estudio fueron evaluar la relación genómica de las razas de ganado lechero estonio y seleccionadas razas europeas, así como examinar la diversidad dentro de las razas de dos razas lecheras estonias utilizando datos de SNP a nivel genómico. Este estudio se basó en una población de novillas genotipadas de las razas Estonio Rojo (ER) y Estonio Holstein (EH), que incluía aproximadamente el 10% de todo el ganado femenino nacido entre 2017 y 2020 (tamaños de muestra = 215 y = 2265, respectivamente). El estudio de la variación dentro de la raza se centró en el nivel de endogamia utilizando el coeficiente de endogamia basado en ROH. Los análisis de relación genómica se llevaron a cabo entre dos razas estonias y nueve razas europeas de la base de datos WIDDE. El análisis de mezcla reveló la heterogeneidad del ganado ER con un patrón mixto que mostraba varias poblaciones ancestrales que contenían una proporción relativamente baja (1.5-37.0%) de cada una de las poblaciones de referencia utilizadas. Hubo un mayor F en EH (F = 0.115) que en ER (F = 0.044). En comparación con ER, los largos ROH de EH indicaron padres más cercanamente relacionados. El origen paterno del material genético utilizado en la cría tuvo un bajo efecto en el nivel de endogamia. Sin embargo, entre EH, se estimó la mayor endogamia genómica en las hijas de sementales nacidos en EE. UU.