La provincia de Fujian, una importante área productora de té en China, tiene abundantes cultivares de té. Para investigar las relaciones genéticas de los cultivares de plantas de té en la provincia de Fujian y las características de las variedades de plantas de té, se sometieron un total de 70 cultivares de té de Fujian y de otras 12 provincias de China a la secuenciación de ADN asociada a sitios de restricción (RAD-seq). Se obtuvieron un total de 60,258,975 sitios de polimorfismo de nucleótido único (SNP). Estos 70 cultivares de plantas de té se dividieron en tres grupos basándose en el análisis del árbol filogenético, el componente principal y la estructura poblacional. El análisis de presión de selección indicó que la diversidad de nucleótidos era alta en el sur de China y genéticamente distinta de los cultivares de plantas de té de Fujian, según el análisis de presión de selección. Los genes seleccionados tienen una significativa enriquecimiento en vías asociadas con el metabolismo, la fotosíntesis y la respiración. Se identificaron diez volátiles característicos mediante cromatografía de gases-espectrometría de masas (GC-MS) acoplada con métodos estadísticos multivariantes, entre los cuales las diferencias en los contenidos de salicilato de metilo, 3-careno, cis-3-hexen-1-ol, ()-4-hexen-1-ol y 3-metilbutiraldehído pueden usarse como indicadores de referencia de la distribución geográfica de las plantas de té. Además, un estudio de asociación del genoma metabolómico (mGWAS) reveló que 438 genes candidatos estaban relacionados con la vía metabólica del aroma. Un análisis adicional mostró que se seleccionaron 31 genes de todos los genes seleccionados y reveló las razones de las diferencias genéticas en el aroma entre los cultivares de plantas de té en Fujian y el sur de China. Estos resultados revelan la diversidad genética en las plantas de té de Fujian, así como una base teórica para la conservación, desarrollo y utilización de los cultivares de té altamente aromáticos de Fujian.