Las enfermedades transmitidas por vectores caninos están ampliamente distribuidas en todo el mundo. Son transmitidas por artrópodos y muchas amenazan seriamente la salud de animales y humanos. En China, nuestro conocimiento de las especies que circulan en perros aún se comprende mal. Por lo tanto, el objetivo de este estudio fue entender la prevalencia y las características genéticas de spp. caninas en las provincias de Chongqing (suroeste), Fujian (sureste), Shandong (sureste) y Hubei (centro) de China. Se procesaron muestras de sangre de perros sanos para detectar ADN de spp. mediante PCR. Se realizaron análisis de haplotipos y filogenéticos en secuencias de 18S rRNA. Entre 306 perros, no se detectaron spp. ni spp., mientras que se detectó una sp. en 10 (3.27%) de los animales. Solo se identificó y era endémica de Chongqing (2.46%) y Hubei (8.77%). Un análisis de haplotipos identificó ocho haplotipos entre los aislados. Un análisis filogenético mostró que los aislados en este estudio se agruparon en cuatro clados, junto con aislados de diferentes países y hospedadores, formando un gran grupo que estaba claramente separado de otras especies. Estos hallazgos proporcionaron nueva información sobre las características epidemiológicas de las enfermedades transmitidas por vectores caninos en China y serán útiles en el desarrollo de medidas eficientes para salvaguardar la salud y el bienestar de los animales de compañía y sus dueños.