La caracterización molecular del germoplasma es esencial para recopilar información sobre atributos favorables y mejora varietal. El estudio actual evaluó la divergencia genética y la estructura de la población de 80 genotipos de papa recolectados de Punjab, Pakistán, utilizando marcadores basados en ADN de retrotransposones polimórficos (iPBS). Un total de 11 cebadores iPBS generaron 787 alelos con un valor promedio de 8.9 alelos por cebador, de los cuales ~95% eran polimórficos entre los 80 genotipos. Diferentes atributos de variación, como la heterocigosidad esperada promedio (H = 0.21), la heterocigosidad esperada no sesgada promedio (uHe = 0.22) y el índice de información de Shannon promedio (I = 0.32), mostraron la existencia de suficiente diversidad genética en los genotipos de papa estudiados. El análisis de varianza molecular (AMOVA) mostró que la variación genética dentro de la población fue mayor (84%) que entre poblaciones (16%). Se construyó un árbol de unión de vecinos basado en las matrices de distancia que ordenó los 80 genotipos en cinco grupos distintos, y los genotipos FD61-3 y papa 2 tuvieron la mayor distancia genética. Un análisis de ESTRUCTURA corroboró los resultados del dendrograma y también distribuyó los 80 genotipos en cinco grupos. Nuestros resultados determinaron que los marcadores basados en retrotransposones son altamente polimórficos y podrían usarse para evaluar la diversidad genética entre genotipos de papa locales y exóticos. Los datos genotípicos y el análisis de la estructura de la población informados en este estudio mejorarán la mejora y el desarrollo varietal de la papa.