La diversidad genética es crucial para determinar el potencial evolutivo de una especie y es esencial para desarrollar estrategias de conservación óptimas. El impacto de la fragmentación del hábitat en la diversidad genética de las orquídeas engañosas parece ser impredecible debido a sus mecanismos especializados de dispersión de semillas y polen. El hábitat de las orquídeas engañosas se fragmentó severamente durante el último medio siglo. Este estudio investigó la diversidad genética y la estructura de siete poblaciones fragmentadas en el condado de Shangrila utilizando marcadores AFLP. Se identificaron un total de 376 alelos, con un rango de 70 a 81 alelos por locus. La especie mostró una considerable diversidad genética, como lo evidencia una diversidad genética promedio de Nei de 0.339 y un índice de información de Shannon de 0.505, siendo todos los loci polimórficos. Basado en la Varianza Molecular (AMOVA), se encontró que el 8.75% de la diferenciación genética estaba entre poblaciones, mientras que el 91.25% restante de la variación genética ocurrió dentro de las poblaciones. El análisis de la estructura poblacional reveló que el germoplasma puede ser categorizado en 2 grupos distintos, entre los cuales hubo un flujo génico significativo. A pesar de la fragmentación del hábitat, aún se mantuvo un alto nivel de diversidad genética, y el sustancial flujo génico (5.0826) es un factor clave en el mantenimiento de la diversidad genética. Estos hallazgos ofrecen valiosos conocimientos para la conservación y el uso potencial de los recursos genéticos.