Se investigaron las crías de tortuga boba (Linnaeus, 1758) a través de especímenes encontrados muertos, ya sea después de la incubación o no incubados (= 120) de ocho nidos alrededor de las islas maltesas (Mediterráneo Central). Se utilizaron técnicas de genética molecular para realizar pruebas de maternidad y paternidad de los especímenes recolectados, utilizando secuencias de ADN mitocondrial ampliadas de la región de control (858 pb) y 25 loci de microsatélites (12 loci dinucleotídicos y 13 loci tetranucleotídicos). Los datos mitocondriales produjeron dos haplotipos, CC-A2.1 y CC-A3.1, siendo el haplotipo más común presente en siete nidos. Los datos de microsatélites revelaron la identidad de seis hembras diferentes que participaron en la deposición de los huevos en los ocho nidos de tortuga analizados. Esto confirma que dos hembras pusieron múltiples nidos. Además, los datos de microsatélites permitieron determinar la paternidad múltiple, con una puesta siendo engendrada por dos padres. Estos resultados son útiles para monitorear la diversidad genética de las crías de tortuga boba y de las madres y padres de tortuga que contribuyen a la futura descendencia, que dependen de las playas de arena maltesas para su exitoso inicio de vida. La gestión de conservación efectiva se beneficia de la fusión del conocimiento científico con medidas efectivas en sitios de anidación potenciales para evitar pérdidas de crías causadas por negligencia humana.