Las poblaciones de cerdos indígenas en la provincia de Hainan viven en condiciones climáticas tropicales y en un entorno geográfico relativamente cerrado, lo que ha contribuido a la formación de algunas características excelentes, como la tolerancia al calor, una fuerte resistencia a enfermedades y una excelente calidad de carne. En las últimas décadas, el número de estas poblaciones de cerdos ha disminuido drásticamente, en gran parte debido a una disminución en la tasa de crecimiento y un bajo porcentaje de carne magra. Para la conservación efectiva de estos recursos genéticos (como la tolerancia al calor, la calidad de la carne y la resistencia a enfermedades), se obtuvieron datos de secuenciación del genoma completo de 78 individuos de 3 poblaciones de cerdos nativos chinos, incluyendo Wuzhishan (WZS), Tunchang (TC) y Dingan (DA), utilizando una plataforma de emparejamiento de 150 bp, y se descargaron 25 individuos de dos razas extranjeras, incluyendo Landrace (LR) y Large White (LW), de una base de datos pública. Se identificaron un total de 28,384,282 SNPs, de los cuales 27,134,233 SNPs fueron identificados en poblaciones de cerdos nativos chinos. Tanto las estadísticas de diversidad genética como el análisis de desequilibrio de ligamiento (LD) indicaron que las poblaciones de cerdos indígenas mostraron una alta diversidad genética. El resultado de la estructura poblacional implicó la singularidad de cada población de cerdos nativos chinos. Se detectaron firmas de selección entre las poblaciones de cerdos indígenas y las razas extranjeras utilizando el método del índice de diferenciación poblacional. Se identificaron un total de 359 genes candidatos, y algunos genes pueden afectar características como la inmunidad, la adaptabilidad, la reproducción, la calidad de la carne y la tolerancia al calor. En general, los hallazgos de este estudio proporcionarán información valiosa para la futura cría, conservación y utilización de estas tres poblaciones de cerdos indígenas chinos.