La almeja de Manila es uno de los bivalvos más importantes comercialmente a lo largo de la costa de China. Con la continua expansión de la escala de cultivo de almejas, esto puede llevar a algunos problemas serios, incluyendo la pérdida de variación genética, depresión por endogamia y reducción del tamaño efectivo de la población (N). En el presente estudio, se utilizaron once marcadores de microsatélites para investigar la diversidad genética y la diferenciación entre 13 poblaciones de almejas a lo largo de la costa de China. Como resultado, se detectaron 150 alelos según los resultados de genotipificación de once loci de microsatélites. La heterocigosidad observada (H) se estimó en un rango de 0.437 a 0.678, mientras que la heterocigosidad esperada (H) se calculó en un rango de 0.587 a 0.700. Los valores de F entre poblaciones variaron de 0.0046 a 0.1983. En particular, la población de Laizhou tuvo la mayor variabilidad genética, que fue significativamente diferente de las demás (todos los valores de F > 0.1). Para todas las poblaciones de almejas, no hubo una regresión lineal significativa entre la distancia genética y la distancia geográfica, lo que indica que estas poblaciones no siguen un patrón de aislamiento por distancia (IBD). La estructura genética se estimó según NJ, coordenadas principales (PCoA) y agrupamiento basado en estructura. Las estimaciones del tamaño efectivo de la población varían de decenas a miles entre diferentes poblaciones, basadas en métodos de desequilibrio de ligamiento y coancestría molecular. Los resultados revelan la diversidad genética de las almejas y verifican la hipótesis de que la diferenciación de la población de almejas puede estar influenciada por el modo de reproducción del sur y la cultura del norte, proporcionando información orientadora para la conservación de recursos naturales y la cría genética de almejas.