Investigar el impacto del flujo de factores en la eficiencia del uso del suelo urbano (EUSU) es significativo para aliviar la contradicción entre la promoción acelerada de la urbanización y el uso ineficiente del suelo urbano. Este artículo analiza teóricamente el mecanismo de impacto del flujo de los tres principales factores de producción: tierra, capital y trabajo, sobre la EUSU. Sobre esta base, tomando 54 ciudades de la aglomeración urbana en las partes media e inferior del río Yangtsé en China como objeto de estudio, se utilizan el modelo de frontera estocástica, el modelo de efectos fijos y el método de agrupamiento K-means para analizar empíricamente el impacto del flujo de trabajo, capital y tierra en la EUSU. También se discute el efecto heterogéneo del flujo de factores sobre la EUSU en diferentes etapas de urbanización. Los resultados son los siguientes: (1) El flujo de trabajo y el flujo de capital juegan un papel significativo en la promoción de la EUSU; el flujo de tierra juega el papel opuesto. (2) Con la mejora continua del nivel de urbanización, el efecto de promoción del flujo de trabajo primero disminuye y luego aumenta, mientras que el efecto de promoción del flujo de capital continúa disminuyendo, y el efecto inhibidor del flujo de tierra es significativo en la etapa inicial y en la etapa de expansión de la urbanización, y el efecto aumenta gradualmente, pero no es significativo en la etapa madura. (3) El nivel de urbanización tiene un efecto umbral obvio sobre el flujo de factores. Hay umbrales únicos para el flujo de trabajo y de tierra, y hay un doble umbral para el flujo de capital. Conclusiones de la investigación: debemos continuar promoviendo la reforma orientada al mercado de los factores, romper las ataduras institucionales que restringen el flujo libre de factores, implementar políticas de acuerdo con la ciudad y la etapa, y aprovechar al máximo el impacto positivo del flujo de factores en la EUSU.