El estatus taxonómico de muchos taxones del sur de Europa del complejo sigue siendo incierto a pesar de la proximidad de esta región a los rangos nativos de las especies progenitoras sexuales del complejo. Investigamos si hay especies progenitoras sexuales adicionales presentes en la región mediterránea. Utilizando el enriquecimiento dirigido de 736 regiones de genes nucleares de copia única y la citometría de flujo, analizamos las relaciones filogenómicas, el nivel de ploidía y el modo reproductivo en representantes de 16 poblaciones en el sur de Europa, con datos de secuencia adicionales de colecciones de herbarios. Además, se mapearon ensamblajes de secuencias en fase de nothotaxa sospechosos a especies progenitoras sexuales previamente descritas para determinar la ascendencia híbrida. Encontramos que la mayoría de los taxones mediterráneos son tetraploides, con poblaciones híbridas que se propagan principalmente a través de la apomixis. El análisis filogenómico reveló que, excepto por las especies progenitoras, los taxones mediterráneos son a menudo polifiléticos. La mayoría de los taxones apomícticos mostraron evidencia de herencia mixta de especies progenitoras, con ciertos genotipos progenitores que se mapearon más a las poblaciones de regiones geográficas adyacentes. Se encontraron tendencias geográficas en la distancia filogenética, siguiendo aproximadamente una demarcación longitudinal de este a oeste del complejo, con apomícticos extendiéndose hacia los márgenes del sur. Además, observamos divergencia post-hibridación entre las poblaciones occidentales y orientales de nothotaxa en el sur de Europa. Nuestros resultados apoyan una clasificación de poblaciones apomícticas como nothotaxa, como se sugirió anteriormente para Europa Central.