Este artículo presenta nuevos resultados de tomografía sísmica detallada (ST) sobre la estructura profunda debajo del Medio Tien Shan a una profundidad de 60 km. Para una mejor comprensión de las heterogeneidades detectadas, los modelos de velocidad obtenidos se compararon con los resultados de sondeos magnetotelúricos (MTS) a lo largo de los perfiles Kekemeren y Naryn, que corren paralelos a los meridianos 74 y 76, respectivamente. Encontramos que en la región de estudio las características de velocidad y las propiedades geoeléctricas se correlacionan entre sí. Las anomalías de alta velocidad y alta resistividad corresponden a las partes de las placas de Tarim y Kazajistán-Junggar sumergidas bajo el Tien Shan. Revelamos que la estructura de la corteza del Medio Tien Shan está condicionada por la presencia del microcontinente Central Tien Shan. Se manifiesta como dos anomalías dispuestas una debajo de la otra: la anomalía inferior de baja velocidad y baja resistividad, y la anomalía superior de alta velocidad y alta resistividad. Las zonas de falla que limitan el microcontinente Central Tien Shan aparecen como anomalías de baja velocidad y baja resistividad. Las características obtenidas indican la saturación de fluidos de las zonas de falla. Según las características reveladas de la estructura geológica del Central Tien Shan, se supone que la capa de baja velocidad en la corteza inferior puede desempeñar un papel significativo en la delaminación de la parte del manto de las placas sumergidas.