Las lesiones documentadas de cerdos sacrificados proporcionan un conjunto de datos de alta densidad que podría ser valioso para el monitoreo de la salud animal y la cría. Sin embargo, la calidad y estructura de los datos dificultan la aplicación de métodos estadísticos. El presente estudio proporciona un enfoque que permite el análisis estadístico y evalúa la comparabilidad de la prevalencia de lesiones entre mataderos. La base de datos de Calidad y Seguridad alemana proporcionó datos de lesiones pulmonares, de pleura, hepáticas y cardíacas registradas. Se utilizaron criterios de filtro para mejorar la estructura de los datos. Se analizaron datos de = 8,004,769 animales, registrados en nueve mataderos durante un período de 18 meses. Las prevalencias de lesiones se modelaron con éxito aplicando un modelo lineal mixto generalizado. Para examinar las diferencias de prevalencia, se calculó el coeficiente de variación (CV) de forma semestral, y se aplicó una prueba de media general (GMT) de significancia. Se observaron altas variaciones en la prevalencia estimada en función del matadero, semestralmente y por órgano. La mayor variación ocurrió en el pulmón (CV = 64.7%), mientras que las lesiones hepáticas mostraron la menor variación (CV = 21.8%). El GMT permitió visualizar estas variaciones entre mataderos, órganos y a lo largo del tiempo. En cuanto a la evaluación de la comparabilidad de las prevalencias, proporciona una herramienta prometedora para monitorear cambios en el examen de lesiones y abordar mataderos divergentes.