En este estudio, se determinó la concentración de metales (Cd, Cr, Cu, Fe, Mn, Ni, Pb y Zn) en la cuenca baja del río São Francisco para evaluar la influencia de la urbanización y la industrialización en los cambios ambientales en los recursos hídricos. Todas las muestras se analizaron mediante el método adaptado de la IUPAC y se procesaron en un espectrofotómetro de absorción atómica. Las estaciones de muestreo ubicadas cerca de las zonas industriales se vieron afectadas por la industrialización, ya que presentaron mayores concentraciones de Cd, Cr, Ni y Cu. Las demás ubicaciones muestreadas mostraron cambios en los oligoelementos probablemente originados en el suelo, como Fe, Zn y Pb. Se observó un aumento gradual de las concentraciones de metales, en general, durante el período de mayor pluviosidad de la red hidrográfica. En general, excepto para Zn y Mn, los oligoelementos superaron el valor máximo permitido establecido por la legislación nacional (CONAMA). La cuenca baja del río São Francisco ha sufrido interferencias de la urbanización y la industrialización, por lo que se deben desarrollar programas de concientización para controlar y mitigar problemas futuros.