La alimentación con linaza a vacas lecheras resulta en depresión de grasa en la leche (DGL), pero hay una amplia gama de sensibilidad entre las vacas. Los objetivos de este estudio fueron identificar genes objetivo que contengan SNP que puedan desempeñar un papel clave en la regulación de la síntesis de grasa en la leche en vacas resistentes o sensibles a la DGL. Se seleccionaron cuatro vacas de una granja lechera después de un cambio de una dieta de control a una dieta rica en linaza; dos eran resistentes a la DGL con un alto contenido de grasa en la leche en las dietas de control (4.06%) y rica en linaza (3.90%); y dos eran sensibles a la DGL con el contenido de grasa en la leche disminuyendo después del cambio de la dieta de control (3.87%) a la dieta rica en linaza (2.52%). Se realizaron análisis de transcriptoma y descubrimiento de SNP utilizando tecnología de secuenciación de ARN. Hubo un gran número de genes expresados diferencialmente en las dietas de control (= 1316) y rica en linaza (= 1888). De estos, 15 genes fueron detectados como reguladores clave de genes y que albergan SNP en la dieta rica en linaza. Los genes seleccionados MTOR, PDPK1, EREG, NOTCH1, ZNF217 y TGFB3 pueden formar una red con un eje principal PI3K/Akt/MTOR/SREBP1 involucrado en la síntesis de grasa en la leche y en la respuesta a dietas que inducen DGL. Estos 15 genes son nuevos candidatos para estar involucrados en la resistencia o sensibilidad de las vacas lecheras a la depresión de grasa en la leche.