Se empleó secuenciación de alto rendimiento (HTS) por primera vez para investigar virus de plantas que infectan cultivos de solanáceas, incluyendo papa, tomate y pimiento, en Kosovo. Se recolectaron muestras de hojas que mostraban síntomas similares a virus de diversas regiones durante el verano de 2023. Basado en la secuenciación de ARN ribodepletado y análisis bioinformáticos, se identificaron seis virus: virus del mosaico del pepino, virus del marchitamiento de la habichuela ancha 2 (BBWV2), virus Y de la papa, virus críptico del pimiento 2 (PCV2), endornavirus del pimiento (BPEV) y virus moteado blanco de ranúnculo. BBWV2, PCV2 y BPEV se reportan por primera vez en la región de los Balcanes. La presencia del virus fue validada mediante RT-PCR. Los análisis filogenéticos revelaron que las cepas virales identificadas no se agruparon según sus hospedadores y orígenes geográficos. Las variantes de CMV y BBWV2 exhibieron eventos de reasortamiento, lo que indica una posible evolución local o introducciones de virus novedosos. Esta investigación destaca la ocurrencia generalizada de infecciones mixtas en plantas de pimiento y subraya la necesidad de investigar más sobre la dinámica de transmisión del virus y los posibles hospedadores reservorios. Estos hallazgos enfatizan la necesidad de una vigilancia continua y estrategias integradas de protección de plantas para mitigar los impactos de las infecciones virales en el pimiento y otros cultivos económicamente importantes en Kosovo.