Los defectos de nacimiento representan un problema significativo de salud pública. Sin embargo, Grecia no forma parte de la red europea de anomalías congénitas y no se han realizado estudios recientes que examinen las malformaciones congénitas en este país. El objetivo del presente trabajo es estudiar la epidemiología de los defectos de nacimiento en Grecia e identificar posibles factores asociados con su ocurrencia. La población del estudio consistió en 649 fetos que fueron referidos de tres hospitales en Salónica para autopsia y examen histopatológico durante un período de 16 años (1992-2008). Se identificaron anomalías congénitas en 256 de los 649 fetos y se asociaron principalmente con los sistemas musculoesquelético, nervioso, cardiovascular y urinario. Se encontraron varios factores que estaban estadísticamente relacionados, tanto positiva como negativamente, con el desarrollo de anomalías congénitas en análisis de regresión logística univariable y multivariable. Nuestro estudio basado en autopsias reveló la epidemiología de las anomalías congénitas en el norte de Grecia y corroboró la relación entre varios factores y la ocurrencia de defectos de nacimiento.