La intrusión de agua de mar en los acuíferos costeros es uno de los principales problemas ambientales que afectan a las islas del Mediterráneo. Creta es la isla más grande y poblada de Grecia, caracterizada por tener aguas superficiales limitadas y una fuerte dependencia de las fuentes de agua subterránea como la principal fuente de suministro de agua natural para una extensa actividad agrícola y uso humano. La demanda de agua dulce en Creta ha aumentado notablemente en las últimas décadas. El acuífero de Geropotamos se encuentra en la costa norte-central de Creta y la gestión del agua dulce está en un delicado equilibrio con el agua salada en las áreas costeras del acuífero debido a la escasa precipitación y la alta evaporación, así como a la intensa sobreexplotación de los recursos hídricos subterráneos. El entorno geológico del área de estudio se considera complejo y el régimen tectónico local se caracteriza por dos conjuntos de fallas orientadas de NW a SE y de NE a SW. La investigación del acuífero utilizando una cuadrícula de 1179 sondeos electromagnéticos transitorios (TEM) en 372 sitios ha dado como resultado modelos 1D y visualización 2D/3D de estructuras geoeléctricas, que representan las zonas de salinización de las aguas subterráneas en el acuífero. La cartografía geológica, los datos hidro-litológicos y el análisis geoquímico de 24 muestras de agua (22 pozos y 2 manantiales) están en concordancia con los resultados obtenidos de los sondeos TEM, apoyando nuestra interpretación de que el acuífero está degradado por la intrusión salina que probablemente ocurre a lo largo de fracturas en una zona de falla, enfatizando el papel crítico de los caminos de fractura en los problemas de salinización de los acuíferos costeros.