Los sistemas kársticos constituyen recursos valiosos de agua dulce en la isla de Creta, una región de Grecia que está amenazada por la escasez de agua. El presente trabajo se refiere a la evaluación del potencial de aguas subterráneas disponibles en un terreno kárstico y contribuye a proporcionar cantidades adecuadas de agua dulce al centro sur de Creta (prefectura de Rethimno). El potencial de aguas subterráneas disponibles se estimó combinando enfoques hidrogeológicos convencionales y un análisis de los hidrogramas del manantial de Kourtaliotis que drena el sistema. El procedimiento de investigación contribuyó a la comprensión tridimensional del sistema kárstico y proporcionó estimaciones razonables sobre las reservas de aguas subterráneas en la zona. El almacenamiento geológico (permanente) en el sistema kárstico se estimó en 415 x 10 m, mientras que las reservas dinámicas se calcularon en 43 x 10 m. Basado en los resultados de la investigación, se considera posible bombear anualmente una cantidad de 21-29 x 10 m sobre las cantidades de agua que fluyen naturalmente del manantial de Kourtaliotis, con el fin de satisfacer las demandas de agua en la región. El estudio proporciona una valiosa guía para predecir las reservas de aguas subterráneas en acuíferos con un régimen hidrogeológico similar.