La enfermedad de la raíz del club es un tipo de enfermedad transmitida por el suelo que infecta seriamente a las especies. En este estudio, recolectamos 121 variedades de coles chinas no encabezadas. Con el fin de comprender mejor la variación genética y seleccionar material parental adecuado resistente a la enfermedad de la raíz del club, las resecuenciamos para examinar la estructura genética de la población, la diversidad genética de la población, el índice de diferenciación de la población y la barrida selectiva basada en SNPs. La tasa de mapeo con el genoma de referencia fue alta, y el análisis de calidad de los datos reveló que la calidad de la secuenciación fue buena. Los datos anotados indicaron que la mayoría de los SNPs e indels se encontraban en áreas intrónicas e intergénicas. Se identificaron cuatro subgrupos de 121 coles chinas no encabezadas utilizando análisis de componentes principales, árbol filogenético y análisis de estructura genética. Un examen de la diversidad genética reveló que mientras la autofecundación puede ocurrir en los subgrupos C y D, la heterocigosidad puede existir en los subgrupos A y B. En el subgrupo B, la autofecundación no es posible. Hubo un grado moderado de diferenciación genética entre los subgrupos B y C (Fst = 0.0744347). También realizamos análisis de enriquecimiento de GO y enriquecimiento de KEGG para genes en ciertas regiones de barrido. Se examinaron dos genes relacionados con la resistencia a enfermedades. Estos hallazgos servirán como una base teórica para el desarrollo de nuevos tipos de coles chinas no encabezadas resistentes a la enfermedad de la raíz del club.