El estrés salino es un estrés abiótico significativo que reduce el rendimiento y la calidad de los cultivos a nivel mundial. En este estudio, utilizamos la secuenciación de ARN (RNA-Seq) para identificar genes expresados diferencialmente (DEGs) en respuesta al estrés salino inducido por la irradiación con rayos gamma en un mutante de soja tolerante a la sal. Las muestras de la biblioteca de ARN total se obtuvieron del cultivar de soja sensible a la sal Kwangan y del mutante tolerante a la sal KA-1285. Se tomaron muestras en tres puntos de tiempo (0, 24 y 72 h) de dos tejidos (hojas y raíces) bajo 200 mM de NaCl. Se generaron un total de 967,719,358 lecturas limpias utilizando la plataforma Illumina NovaSeq 6000, y el 94.48% de estas lecturas se asignaron a 56,044 modelos de genes del genoma de referencia de la soja (Glycine_max_Wm82.a2.v1). Los DEGs con valores de expresión se compararon en cada punto de tiempo dentro de cada tejido entre las dos sojas. Como resultado, se identificaron 296 DEGs en las hojas, mientras que se identificaron 170 DEGs en las raíces. En el caso de las hojas, ocho DEGs estaban relacionados con la vía de biosíntesis de fenilpropanoides; sin embargo, en las raíces, un QTL importante asociado con la tolerancia a la sal en plantas de soja se expresó diferencialmente. En general, estas diferencias pueden explicar los mecanismos a través de los cuales los mutantes exhiben una mayor tolerancia al estrés salino, y pueden proporcionar una comprensión básica de la tolerancia a la sal en las plantas de soja.